DAPI (4',6-Diamidino-2-Phenylindol, Dihydrochlorid) zur Nukleinsäurefärbung

DAPI (4',6-Diamidino-2-phenylindol) ist ein Fluoreszenzfarbstoff, der robust an DNA-Stränge binden kann, wobei die Fluoreszenz mit einem Fluoreszenzmikroskop nachgewiesen wird. DAPI kann sowohl lebende als auch fixierte Zellen anfärben, da es intakte Membranen passieren kann, wobei die Effizienz in fixierten Zellen höher ist. Die Summenformel ist C16H15N5·2HCl mit einer Molmasse von 350,25 g/mol, CAS-Nummer 28718-90-3. DAPI kann die Zell- und Nukleinsäuremembranen passieren und an die doppelsträngige DNA im Zellkern binden, wodurch eine 20-fach stärkere Fluoreszenz als bei sich selbst erzeugt wird. Die mit einem Fluoreszenzmikroskop nachgewiesene Effizienz ist sehr hoch (fast 100%), ohne Nebenwirkungen für die lebenden Zellen. Die Empfindlichkeit für die DAPI-Färbung doppelsträngiger DNA ist um ein Vielfaches höher im Vergleich zu Ethidiumbromid (EB). Die DAPI-Färbung wird üblicherweise zur Detektion des Zelltods verwendet, da sie effektiver in tote Zellen eindringt und dort eine stärkere Fluoreszenz erzeugt. Nach der Färbung mit DAPI erfolgt die Detektion mit einem Fluoreszenzmikroskop oder Durchflusszytometer. Nach der Färbung sind unter dem Mikroskop blau fluoreszierende Zellen zu sehen. Die größte Anregungswellenlänge für DAPI ist 340 nm (UV), und die größte Emissionswellenlänge ist 488 nm (blau). Wenn DAPI an doppelsträngige DNA bindet, beträgt die größte Anregungswellenlänge 360 nm, während die größte Emissionswellenlänge 460 nm wird. Die blaue Emission von DAPI macht es für kombinierte Assays geeignet, bei denen die Fluoreszenzbereiche von DAPI und anderen in der IHC verwendeten Fluoreszenzmolekülen wie grün-fluoreszierendem Fluorescein und GFP oder rot-fluoreszierenden Farbstoffen wie Texas Red vollständig unterschiedlich sind.